നേപ്പാളിലെതന്നെ വളരെ പഴക്കംചെന്ന ശിവക്ഷേത്രങ്ങളിൽ ഒന്നാണ് പശുപതിനാഥ ക്ഷേത്രം. ആദിശക്തിയായ പാര്‍വതിദേവിയുടെ ഗൃഹസ്ഥലമായ ഹിമവാന്റെ താഴ്വരയിലാണ് നേപ്പാളിന്റെ തലസ്ഥാനമായ കാഠ്മണ്ഡു. ഈ സുന്ദരനഗരത്തിന്റെ ഹൃദയത്തിലൂടെയാണ് പവിത്ര നദിയായ ബാഗ്മതി ഒഴുകുന്നത്. ഈ നദിക്കരയിലാണ് ശ്‌ളേഷ്മാന്തകം പൂര്‍വ വനപ്രദേശം. ഇവിടെയാണ് പശുപതിനാഥന്റെ ക്ഷേത്രാങ്കണം.
ഒരിക്കല്‍ മഹാദേവനും പാര്‍വതിയും കാശി ഉപേക്ഷിച്ച് യാത്രയായി. യാത്രാമദ്ധ്യേ ബാഗ്മതി തീരത്തുള്ള ശ്‌ളേഷ്മാന്തകം വനത്തിലെത്തി. ഈ വനത്തിന്റെ സൗന്ദര്യത്തില്‍ ആകൃഷ്ടരായ ശിവനും പാര്‍വതിയും മൃഗരൂപം ധരിച്ച് ഭൂതഗണങ്ങളോടൊപ്പം ഇവിടെ കളിയാടി നടന്നു.
ശിവനേയും പാര്‍വതിയേയും കാശിയില്‍ കാണാതായതോടെ ദേവതകളും മുനിമാരും അസ്വസ്ഥരായി. അവര്‍ പരിസര വനങ്ങളിലും പര്‍വത സാനുക്കളിലും നദികളിലുമെല്ലാം അന്വേഷിച്ചു. ഒരിടത്തും കാണാതെ അവര്‍ ഹിമാലയ താഴ്വരയിലുള്ള ബാഗ് മതി നദിക്കരയിലെ ശ്‌ളേഷ്മാന്തകം വനത്തിലെത്തി. അവിടെ തേജസും പുഷ്ഠിയുമുള്ള ഒരു കാളയേയും മൂന്നു കണ്ണുകളോടു കൂടിയ ഒരു കാലമാനിനേയും അതിസൗന്ദര്യമുള്ള ഒരു പേടമാനിനേയും കണ്ടു.
മാനിന്റെ ത്രിനേത്രം കണ്ടപ്പോള്‍ത്തന്നെ ദേവതകള്‍ക്കും മുനിമാര്‍ക്കും മഹാദേവന്‍ മൃഗരൂപം പ്രാപിച്ചതാണെന്ന് മനസിലായി. അവര്‍ മഹാദേവനെ കാശിയിലേക്ക് മടക്കിക്കൊണ്ടുപോകാന്‍ ശ്രമിച്ചെങ്കിലും, മഹാദേവന്‍ മൃഗരൂപം കൈവെടിയാനോ കാശിയിലേക്ക് തിരിച്ചുപോകാനോ തയ്യാറായില്ല.
ദേവഗണങ്ങള്‍ ബ്രഹ്മാവിനേയും വിഷ്ണുവിനേയും ഇന്ദ്രനേയും കാര്യം ധരിപ്പിച്ചു. അവര്‍ ശ്‌ളേഷ്മാന്തകത്തില്‍ വന്ന് മഹാദേവനെ വന്ദിച്ചിട്ട് കാശിയിലേക്ക് തിരിച്ചുവരാന്‍ അപേക്ഷിച്ചു. പക്ഷേ, മഹാദേവന്‍ ചെവിക്കൊണ്ടില്ല. അപ്പോള്‍ ഇന്ദ്രന് ഒരു ഉപായം തോന്നി. കാളയെ പിടിച്ചുകൊണ്ടുപോയാല്‍ മഹാദേവന്‍ കൂടെവരുമെന്ന് കരുതി കാളയെ കയറിപ്പിടിച്ചു. അപ്പോള്‍ കാളയ്‌ക്കൊപ്പം മൃഗരൂപിയായ മഹാദേവനും പാര്‍വതിയും അവിടെ അപ്രത്യക്ഷരായി. ആ സ്ഥലത്ത് ഒരു ജ്യോതിര്‍ലിംഗം പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു.
ദേവന്മാര്‍ ജ്യോതിര്‍ലിംഗത്തെ വണങ്ങിയതിനുശേഷം സ്വര്‍ഗലോകത്തേക്ക് പുറപ്പെട്ടു. കാലം കുറേ കഴിഞ്ഞുപോയി. അക്കാലത്ത് നേപ്പാള്‍ ഭരിച്ചിരുന്ന രാജാവിന് ഒരു വലിയ പശുക്കൂട്ടമുണ്ടായിരുന്നു. ശ്‌ളേഷ്മാന്തകത്തിലാണ് ഇവയെ മേയ്ക്കാന്‍ കൊണ്ടുപോയിരുന്നത്. കൂട്ടത്തില്‍ ഒരു പശു ധാരാളം പാല് ചുരത്തിയിരുന്നു. ഒരു ദിവസം ഈ പശു പാല് ചുരത്തുന്നത് നിറുത്തി.
പശുപാലകര്‍ വിവരം രാജാവിനെ അറിയിച്ചു. ഈ പശുവിനെ പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധിച്ച് എന്താണ് സംഭവിച്ചതെന്ന വിവരം അറിയിക്കാന്‍ രാജാവ് ആജ്ഞാപിച്ചു. പശുപാലകര്‍ ഈ പശുവിനെ പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധിക്കാന്‍ തുടങ്ങി. ശ്‌ളേഷ്മാന്തക വനത്തില്‍ ഒരു പ്രത്യേക സ്ഥലത്ത് പശു തനിയേ പാല് ചുരത്തുന്നത് ശ്രദ്ധയില്‍പ്പെട്ടു. അവര്‍ രാജാവിനെ വിവരം ധരിപ്പിച്ചു. രാജഗുരുവും മന്ത്രിമുഖ്യനും ശ്‌ളേഷ്മാന്തകത്തിലെത്തി ഈ പ്രത്യേക സ്ഥലം പരിശോധിച്ചപ്പോള്‍ അവിടെ ഒരു സ്വയംഭൂ ജ്യോതിര്‍ലിംഗം ദര്‍ശിച്ചു. നേപ്പാള്‍ രാജാവ് അവിടെ ഒരമ്പലം സ്ഥാപിച്ചു. അതാണ് പശുപതിനാഥക്ഷേത്രം എന്നാണ് ഐതിഹ്യം. പഞ്ചമുഖിയായ പരബ്രഹ്മാണ് പശുപതിനാഥക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രതിഷ്ഠ.